In 1959 werd de naam veranderd in Stadsacademie voor Toegepaste Kunsten. Kunstnijverheid bleef derhalve voorop staan. De beeldende kunst werd lokaal het exclusieve domein van de Jan van Eyckacademie. De speciale status van de Jan van Eyck heeft ertoe geleid, dat niet werd gekozen voor ‘toegepaste én beeldende kunsten’. Terwijl Jef Scheffers betrokken was bij de oprichting in 1948 van de Jan van Eyckacademie, zag hij dat deze haar katholieke signatuur had afgeworpen. Ook zag hij met lede ogen de nieuwe ontwikkelingen in de jaren 50 en 60 aan. Diverse oud-leerlingen zag hij overstappen naar de Jan van Eyck, die zich later zouden roeren in protesten tegen ‘het lokale establishment’.