In 1842 overlijdt directeur Matthieu Hermans. Twee jaar later volgt Alexander Schaepkens, de jongere broer van Théodore, hem in die functie op. Hij heeft dan met succes in Amsterdam zijn Middelbaar Onderwijs Akte Tekenen behaald. Ook heeft hij onderwijs genoten in Antwerpen en Parijs, is een gezien historicus en maakt afbeeldingen van vele historische monumenten in beide Limburgen, Luik en het naburige Rijnland. Derhalve wordt hij enthousiast onthaald. Hij is erg druk met de oprichting van het Limburgs Geschied- en Oudheidkundig Genootschap en is veel op pad voor historisch onderzoek. Zijn schetsen en (in Parijs en Brussel vervaardigde) kleurenlitho’s zijn nog altijd zeer gewilde verzamelobjecten. Volgens de onderwijsinspectie heeft hij echter meer oog voor oudheidkunde en is door zijn eigen productie vaak afwezig. Tijdens een bezoek van de inspectie medio jaren 1850 blijkt dat onder andere de studentenadministratie een chaos is. Hij wordt daarna eervol ontslagen. In zijn nadagen probeert Alexander tevergeefs eerherstel te verkrijgen door schilderijen aan de gemeente te verkopen. Dit lukt pas aan het eind van zijn leven, wellicht door bemiddeling van Victor de Stuers.